En el Presbiterio se erige el Retablo Mayor, que sustituye al de 1625 que había contratado Luis de Figueroa, destruido en época de la invasión francesa. El actual es obra neoclásica bendecido en 1862. En su cuerpo central se abre un amplio camarín que alberga una talla de la Virgen del Carmen con niño, obra maestra de Cristóbal Ramos de hacia 1770. Es tal su devoción que ha sido coronada canónicamente el 10 de octubre de 2015. Figuran en el retablo otras esculturas que representan a Santa Teresa y San Juan de la Cruz del siglo XVIII, y pinturas entre las que destaca una Inmaculada que puede atribuirse a Juan del Castillo y puede fecharse hacia 1630.
Esculturas de San Rafael y el Ángel de la Guarda, de Blas Molner, ejecutadas en 1792. Este conjunto se completa con dos ángeles lampadarios atribuidos a la Roldana.
El templo cuenta con una colección de retablos de estilo barroco, rococó o neoclásico fechados entre los siglos XVII al XX.
La Capilla del Carmen cuenta con un magnífico y valioso artesonado del siglo XVI. La antigua puerta reglar, magnífica obra de carpintería en caoba y ébano costeada por Gaspar de Castro en 1747.
También es importante de admirar la Capilla del Sagrario. Esta capilla fue construida por Aníbal González a comienzos del siglo XX y es un alarde de clasicismo, con detalles neogóticos y modernistas en el exterior a la calle Muñoz Olivé. En la decoración destacan las pinturas de la cúpula dedicadas a santa Teresa y los paños cerámicos del zócalo, todo diseñado por Aníbal González.
